سید محمدهادی میلانی در هفتم محرم سال ۱۳۱۳ قمری (۱۲۷۳ ش) در نجف در خانواده‌ای اهل علم و معنویت پا به عرصه هستی نهاد. اجداد او همه از سادات حسینی و از نوادگان امام علی بن الحسین علیه السلام بودند که به جهت شرافت علمی و معنوی از بزرگان مدینه بشمار می رفتند. محله قدیمی «بنی هاشم» محل سکونت این خاندان بود و همواره بزرگانی از قبیله‌های عرب و دانشوران اسلامی بدآنجا رفت و آمد داشته اند.
